——— Introducción a R - Configuración ———



“Herramientas de análisis cuantitativo y su aplicación en la conservación de la biodiversidad”


Este taller ha sido desarrollado por:

Objetivos de aprendizaje

Al final de este taller usted podrá:

  • Crear carpetas
  • Configurar directorio de trabajo
  • Salvar código en R
  • Crear un proyecto
  • Crear rutas absoluta y relativa

Para empezar

Inicie R Studio y abra un nuevo R Script utilizando el menu: File > New File > R Script

Configuración

¿Cual es el directorio (carpeta o folder) en donde estoy actualmente?

Cuando usted inicia una sesion, R se conecta por defecto a un directorio en su computador.

Es bueno saber desde un comienzo en qué directorio está usted trabajando actualmente en R.

Para esto vamos a utilizar las siguientes funciones: getwd().

getwd(): es una función que le permite obtener la ruta completa de la carpeta actual de trabajo (wd, se refiere a ‘working directory’ por sus siglas en inglés).

En nuestro caso estamos ubicados en el directorio que se muestra después de ejecutar el código. Para usted puede ser otro directorio.

getwd()
## [1] "C:/Talleres_R/IntroR_Configurar"

Tips!

Note que la barra inclinada en R es “/”, totalmente opuesta a la que usted encuentra en su explorador “\”.

Quiero crear un carpeta

Ahora usted quiere crear un directorio para guadar el archivo en R que contiene sus códigos.

Para esto vamos a utilizar las siguiente función: dir.create()

dir.create("C:/Intro_Test")
## Warning in dir.create("C:/Intro_Test"): 'C:\Intro_Test' already exists

Avisos!

Si el directorio ya existe usted obtendrá este mensaje:

“’C:_Test’” already exists

… No se precopupe, su directorio no se borrará…

Quiero configurar una carpeta de trabajo

Si quiere configurar esta carpeta como directiorio de trabajo C:/Intro_Test al que R siempre buscará para cargar o guardar archivos, entonces utilice la siguiente función:

setwd(): configurar el directorio de trabajo

setwd("C:/Intro_Test")

getwd() # Confirme que el directorio en el cual está trabajando es el que configuró
## [1] "C:/Intro_Test"

Ejercicio

Ahora que usted está en esta carpeta, es su turno de practicar:

Ejercicio!

Puede crear dos carpetas dentro de este carpeta: “C:/Intro_Test”, llamados:

  • Datos1
  • datos1

¿Cuáles son los resultados?

Listar carpetas dentro de un carpeta

Para saber cuáles son los carpetas que están dentro de “C:/Intro_Test” vamos a utilizar la función list.dirs.

list.dirs("C:/Intro_Test")
##  [1] "C:/Intro_Test"                                        
##  [2] "C:/Intro_Test/.Rproj.user"                            
##  [3] "C:/Intro_Test/.Rproj.user/5123F51D"                   
##  [4] "C:/Intro_Test/.Rproj.user/5123F51D/bibliography-index"
##  [5] "C:/Intro_Test/.Rproj.user/5123F51D/ctx"               
##  [6] "C:/Intro_Test/.Rproj.user/5123F51D/explorer-cache"    
##  [7] "C:/Intro_Test/.Rproj.user/5123F51D/pcs"               
##  [8] "C:/Intro_Test/.Rproj.user/5123F51D/presentation"      
##  [9] "C:/Intro_Test/.Rproj.user/5123F51D/sources"           
## [10] "C:/Intro_Test/.Rproj.user/5123F51D/sources/per"       
## [11] "C:/Intro_Test/.Rproj.user/5123F51D/sources/per/t"     
## [12] "C:/Intro_Test/.Rproj.user/5123F51D/sources/per/u"     
## [13] "C:/Intro_Test/.Rproj.user/5123F51D/sources/prop"      
## [14] "C:/Intro_Test/.Rproj.user/5123F51D/tutorial"          
## [15] "C:/Intro_Test/.Rproj.user/5123F51D/viewer-cache"      
## [16] "C:/Intro_Test/.Rproj.user/shared"                     
## [17] "C:/Intro_Test/.Rproj.user/shared/notebooks"           
## [18] "C:/Intro_Test/datos1"

Salvar sus códigos en un archivo individual

Para salvar su archivo pude utilizar el menu:

File > Save as > “mi_primer_codigo.R” (no utilice tildes y use en lo posible barra al piso para separar palabras)

Crear un Proyecto

Ahora bien, usted puede crear un Proyecto en R Studio, que le permitirá acceder a todos los archivos relacionados con el proyecto, tener una historia de lo que ha desarrollado y abrir el ambiente de trabajo si decide cerrar y volver en un par de días a revisitar lo que ha hecho. Más adelante vera lo conveniente de todas estas características.

Creemos un nuevo proyecto. Para esto hay dos formas:

Vaya al menu y utilice File > New Project


O en la parte derecha superior en donde aparece Project(none), seleccione “New Project”.

En los pantallazos que aparecen seleccione “New directory”, despues “New Project” y finalmente guarde este proyecto con el nombre de la carpeta que ha creado anteriormente “C:/Intro_Test”.

Nota: Puede utilizar el mismo proceso para crear nuevos proyectos (por ejemplo, capítulos de su tesis).

Como resultado obtendrá un pantallazo con el nuevo proyecto. Note que en el panel inferior derecho de R Studio aparecen los archivos que están dentro de este carpeta, con el nombre del nuevo proyecto.

Además en la parte superior derecha e izquierda de su pantalla de R Studio se hace referencia a este proyecto. Es decir el proyecto está abierto y activo.

Puede abrir sus códigos puede darle click al cubo que representa el proyecto “Intro_Test.Rproj”. Lo mismo puede hacer desde su exploraor en Windows.


Si usted abre Windows Explorer podra ver un archivo de texto “.Rhistory” que guarda los códigos ejecutados en el archivo de R.


Rutas absolutas y relativas

La ruta absoluta (absolute path, en inglés) contiene la localización COMPLETA de su archivo o carpeta.

Por ejemplo: “C:/Intro_Test” (en este caso se hace referencia al disco duro C:/ de mi computador y la carpeta es “Intro_Test”).

Vamos a utilizar la función list.files() para listar los archivos que se encuentran dentro de la carpeta “C:/Intro_Test”.

list.files("C:/Intro_Test")
## [1] "datos1"             "Intro_Test.Rproj"   "Mi_primer_codigo.R"


La ruta relativa (relative paths, en inglés) contiene la localización PARCIAL de su archivo o carpeta.

Es muy útil cuando usted ha definido la carpeta de trabajo al principio de su código. Recuerda? Cuando utilizó la función setwd().

Por ejemplo, usted puede utilizar este código para listar los archivos list.files("./") (en este caso usted ha configurado previamente el directorio base de su proyecto, entonces no necesita escribir toda la ruta).

Las principales ventajas de utilizar la ruta relativa son:

  • puede ahorrar tiempo y evitar errorres escribiendo nuevamente toda la ruta en cada línea de su código
  • cuando comparte su código, sus colegas lo pueden reproducir fácilmente.

En el código que se presenta abajo ya no tiene que escribir todo la ruta, es suficiente con indicar la ruta relativa ("./").

Ejercicio

Intente crear otra carpeta llamada “datos2” en la carpeta de trabajo “C:/Intro_Test”, pero utilizando la ruta relativa

Explore la diferencia entre list.files() y list.dirs().


Siguiente paso

Esperamos que este tutorial le haya sido de ayuda para empezar a enterder cómo funciona R y RStudio, así como el potencial que tiene para sus futuros proyectos.

Practique bastante y proceda con otros tutoriales que ofrecemos.

Si tiene comentarios o sugerencias nos puede escribir a .

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